Michel Pontois, dans son ouvrage très complet sur l’histoire de Saint-Abit, Il était une fois SAINT-ABIT VILLAGE BÉARNAIS, aux Éditions DIAMEDIT, nous explique que […] « un dénombrement des villages, bailliage par bailliage où l’on trouve des abbayes laïques, effectué en 1385 fait état de l’existence de 49 Abbés Laïcs dans la seule vicomté de Béarn. Ces derniers sont tous des proches fidèles de Fébus auxquels le Prince a attribué le bénéfice des dîmes, avec ce que cette attribution comporte de droits mais également de charges. Au nombre de ces abbayes laïques figurent notamment : Pardies, Saint Abit, Gélos, pour ne prendre en considération que celles situées dans le sud-est de la vicomté. Ne figure pas dans cette liste ni Nay, ni Arros, ni Coarraze, ces deux derniers villages étant des baronnies. Les Abbés Laïcs ne sont incorporés à la noblesse qu’au XVIème siècle. Ils ne vivent que du produit de leurs domaines. Ils sont souvent obligés d’emprunter ou de vendre des biens ou des dîmes pour payer leurs dettes ou, souvent, simplement pour vivre.

L’entretien de l’église et du prêtre coûte très cher. Sous le règne de Fébus seuls les Abbés Laïcs entretenaient des relations suivies avec leur prince et jamais la Cour Majour ne fut consultée. Cette éclipse des Barons de Béarn ne les empêchent pas toutefois d’assurer leurs prérogatives[…].

Les ordonnances de 1571 firent du calvinisme la religion officielle du Béarn. Le catholicisme ne fut même plus toléré. Bon catholique, Jean de Saint-Abit est proscrit, ses biens sont saisis par ordre de Jeanne d’Albret en Septembre-Octobre 1569. Même son père, Bernard, pourtant décédé est proscrit à titre posthume et ne sera pas amnistié lors du pardon général de 1599. L’église Saint Pierre de Saint-Abit est fermée et désaffectée.
Lors du rétablissement du culte catholique en Béarn autorisé par l’Édit de Fontainebleau, signé par Henri IV, Jean de Saint-Abit retrouve ses biens et prérogatives. L’église fermée depuis 30 ans fut l’objet de restaurations et d’un agrandissement par adjonction de « bas côtés » à la nef centrale. Sans doute, mais ce n’est là qu’une hypothèse, cette église jusque là dédiée à Saint Pierre, fut consacrée à Saint Jean Baptiste, saint patron de son restaurateur, lors de sa réouverture au culte. »